1) федеральний орган виконавчої влади, який здійснює функції з контролю та нагляду в галузі митної справи; 2) регіональні митні управління; 3) митниці; 4) митні посади.
Діяльність служби спрямовується та координується Кабінетом Міністрів України через Міністерство фінансів України.
Митне оформлення товарів та транспортних засобів митні органи, будучи органом державної влади, наділені монопольним правом на здійснення митного оформлення товарів та транспортних засобів, що переміщуються через митну кордон.