За структурою протокол розбіжностей включає:
- Найменування протоколу і договору, До якого він складений.
- Дату та місце складання протоколу.
- Відомості про сторони угоди (точно так само, як у договорі).
- Умови договору, які підлягають узгодженню.
- Підписи, друку та реквізити сторін.
У протоколі розбіжностей обов'язково повинні бути зазначені дата та місце його складання, номер та дата основного договору, найменування та реквізити сторін, посадові особи, уповноважені на підписання договору і протоколу розбіжностей, а також реквізити документів, що засвідчують їх повноваження.
Протокол розбіжностей (він протокол погодження розбіжностей) складається стороною, яка отримала пропозицію вступити в договірні відносини. За змістом це акт, який виражає згоду укласти угоду та незгоду з її окремими умовами.