Товстий відділ кишечника найбільш багатий на мікроорганізми. Основні жителі його – ентеробактерії, ентерококи, термофіли, ацидофіли, спорові бактерії, актиноміцети, дріжджі, плісняви, велика кількість гнильних та деяких патогенних анаеробів (Cl.

Вага нормальною мікрофлори становить 5-6% ваги організму. З них 60% знаходиться у шлунково-кишковому тракті, 15% – у респіраторному тракті, 11% – у сечостатевій системі, 14% – на шкірних покровах людини. У товстій кишці мешкає понад 1000 видів бактерій.

У різних відділах ШКТ кількість бактерій по-різному, більшість мікроорганізмів локалізовані в товстій кишці (близько 1010-12 КУО/мл, що становить 35-50% її вмісту).

Бактерії становлять переважну більшість мікробіоти у прямій кишці і до 60% сухої маси фекалій. Десь між 300 та 1000 різних видів живуть в кишечнику, За більшістю оцінок близько 500.